R：如何根據xml檔案中的嵌套結果擴展data.frame

<StudyFieldsResponse>
    <StudyFieldsList>
      <StudyFields Rank="2">
      <FieldValues Field="id">
        <FieldValue>327635</FieldValue>
      </FieldValues>
      <FieldValues Field="Gender">
        <FieldValue>Male</FieldValue>
        <FieldValue>Female</FieldValue>
      </FieldValues>
      <FieldValues Field="code">
        <FieldValue>55905</FieldValue>
      </FieldValues>
     </StudyFields>
    <StudyFields Rank="3">
      <FieldValues Field="id">
        <FieldValue>555828</FieldValue>
      </FieldValues>
      <FieldValues Field="Gender">
        <FieldValue>Male</FieldValue>
      </FieldValues>
      <FieldValues Field="code">
        <FieldValue>55407-1139</FieldValue>
        <FieldValue>77030</FieldValue>
        <FieldValue>90901</FieldValue>
        <FieldValue>23144</FieldValue>
      </FieldValues>
    </StudyFields>
  </StudyFieldsList>
</StudyFieldsResponse>

我有上面的.xml檔案。id為了提取、Gender和code記錄，我將其決議如下。

library(XML)
dat <- xmlParse(file = "example.xml")
final_dat <- xmlToDataFrame(nodes = xmlChildren(xmlRoot(dat)[["StudyFieldsList"]]))
names(final_dat) <- c("id", "Gender", "code")
> final_dat
      id     Gender                      code
1 327635 MaleFemale                     55905
2 555828       Male 55407-1139770309090123144

但是，請注意，對于第一行，有 2Gender秒，男性和女性。同樣，對于第二個，也有超過 1 codes。如何擴展我的 data.frame 以使 data.frame 包含每個唯一、和組合的id唯一Gender行code？

> final_dat_expanded
          id     Gender            code
    1 327635       Male           55905
    2 327635     Female           55905
    3 555828       Male      55407-1139
    4 555828       Male           77030
    5 555828       Male           90901
    6 555828       Male           23144

uj5u.com熱心網友回復：

對于復雜的嵌套 XML，請考慮XSLT，這是一種專門用于轉換 XML 檔案的語言。在 Unix (Mac/Linux) 上，R 可以通過system呼叫開源實用程式xsltproc. 在 Windows 上，R 可以運行引數化的 PowerShell 腳本。

具體來說，下面的 XSLT 以代碼下的最低級別 FieldValue 為目標，然后有條件地檢索祖先節點的 id 和性別，映射到所有性別節點for-each。

XSLT （另存為 .xsl，一個特殊的 .xml 檔案）

<xsl:stylesheet version="1.0" xmlns:xsl="http://www.w3.org/1999/XSL/Transform">
    <xsl:output method="xml" omit-xml-declaration="no" indent="yes"/>
    <xsl:strip-space elements="*"/>

    <xsl:template match="/StudyFieldsResponse">
     <xsl:copy>
       <xsl:apply-templates select="descendant::FieldValues[@Field='code']/FieldValue"/>
     </xsl:copy>
    </xsl:template>
    
    <xsl:template match="FieldValues[@Field='code']/FieldValue">
     <xsl:variable name="curr_code"><xsl:value-of select="text()"/></xsl:variable>
     <xsl:for-each select="ancestor::StudyFields/FieldValues[@Field='Gender']/FieldValue">
       <xsl:copy>
           <id><xsl:value-of select="ancestor::StudyFields/FieldValues[@Field='id']/FieldValue"/></id>
           <gender><xsl:copy-of select="text()"/></gender>
           <code><xsl:copy-of select="$curr_code"/></code>
       </xsl:copy>
     </xsl:for-each>
    </xsl:template>
</xsl:stylesheet>

Online Demo

R

library(XML)

# TRANSFORM INPUT TO FLATTER OUTPUT AND SAVE TO DISK
system("xsltproc style.xsl input.xml -o output.xml")
doc <- xmlParse("output.xml")

# BIND TO DATA FRAME
field_values_df <- xmlToDataFrame(doc)
field_values_df
#       id gender       code
# 1 327635   Male      55905
# 2 327635 Female      55905
# 3 555828   Male 55407-1139
# 4 555828   Male      77030
# 5 555828   Male      90901
# 6 555828   Male      23144

如果您使用 Windows，請考慮使用 PowerShell 腳本

PowerShell （另存為 .ps1）

param ($xml, $xsl, $output)

$xslt = New-Object System.Xml.Xsl.XslCompiledTransform
$xslt.Load($xsl)
$xslt.Transform($xml, $output)

R

library(XML)

# TRANSFORM INPUT TO FLATTER OUTPUT AND SAVE TO DISK
system("PowerShell -ExecutionPolicy bypass -File transform.ps1 input.xml style.xsl output.xml")
doc <- xmlParse("output.xml")

# BIND TO DATA FRAME
field_values_df <- xmlToDataFrame(doc)

標籤：r xml 数据框 xml 解析

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